W XV wieku nazwa wsi Kłopoty Stanisławy brzmiała Kłopotowo. Pierwsza znana wzmianka z 1458 r. (Księga Ziemska Drohicka 1456-1499 - Mińsk Fond. 1759. Op. 2. Sygn. 22) wspomina dwóch braci Mikołajów, synów Wita (Wythowienta), którzy sprzedali Kłopotowo Mikołajowi Bujno z Kłopotowa. Druga część nazwy Kłopoty Stanisławy przypuszczalnie pochodzi od jednego z dziedziców tej wsi - Stanisława, występującego w dokumentach w latach 1474-77. W XV stuleciu wieś była określana: Kłopoty Stanisławowięta lub Kłopoty Staszewięta.
Pierwotnie wieś ta należała do parafii Drohiczyn. W 1675 r. Tomasz Skiwski (zm. ok. 1678), dziedzic Skiw i Narojek, ufundował w okolicach obecnego kościoła (w dobrach Moczydły) kaplicę dojazdową, staraniem ks. Floriana Sadowskiego, dziekana drohickiego i proboszcza ostrożańskiego (1653-90). W kolejnym stuleciu szlachta wsi: Kłopoty Bujny, Kłopoty Michaliki, Kłopoty Patry, Kłopoty Stanisławy i Kłopoty Waśki, z powodu braku dostatecznej obsługi duszpasterskiej ze strony parafii drohiczyńskiej, wystąpiła do Konsystorza Janowskiego o przyłączenie tych wsi do parafii siemiatyckiej, zobowiązując się do płacenia dziesięciny na rzecz obu parafii. 19 lipca 1786 r. Feliks Paweł Turski (1729-1800), biskup łucki i brzeski (1771-90), podpisał w Janowie dekret o włączeniu powyższych wsi do parafii siemiatyckiej.
Parafia w Kłopotach Stanisławach została erygowana 16 grudnia 1922 r. przez Jerzego Matulewicza (1871-1927), biskupa wileńskiego (1918-25). Beneficjum parafialne zostało utworzone 22 lutego 1921 r. z darowizn dziewięciu gospodarzy wsi Kłopoty - Bujny i szesnastu z Kłopot - Stanisławów. Pierwszym proboszczem kłopotowskim (do 1925) 16 grudnia 1922 r. został mianowany ks. Bolesław Leszczyński (1871-1951). Pod jego kierunkiem, pomiędzy wsią Kłopoty Stanisławy a wsią Moczydły, w 1920 r. została wzniesiona tymczasowa drewniana kaplica pw. Matki Bożej Różańcowej. W uroczystość odpustową 7 października 1923 r. poświęcił ją ks. Benon Konstanty Kay (1882-1936), proboszcz ostrożański (1919-30).
Obecny murowany kościół pw. Matki Bożej Różańcowej został zbudowany w latach 1938-39, z ofiar parafian, staraniem ks. Stanisława Siedlara (1895-1958), ówczesnego proboszcza kłopotowskiego (1927-47). Budowniczym nowego kościoła był murarz Karol Kamiński (1882-1946) z Siemiatycz Stacji. Jesienią 1939 r., z obawy przed zajęciem nowo wybudowanej świątyni przez wojska sowieckie, wszystkie obrazy i paramenty liturgiczne przeniesiono z kaplicy i zaczęto odprawiać nabożeństwa. Poświęcenia nowej świątyni dokonał 25 kwietnia 1941 r. ks. kan. Edward Juniewicz (1894-1989), proboszcz drohiczyński (1937-46).
W okresie pobytu ks. Bogdana Mutianko (prob. 1981-86) zostały wstawione witraże. W 1974 r. - staraniem ks. Krzysztofa Maksimiuka (proboszcz 1970-78) - zostały zainstalowane organy, pochodzące z kościoła Podwyższenia Krzyża Świętego w Hajnówce. Dzięki staraniom ks. kan. Mieczysława Rzepniewskiego, obecnego proboszcza kłopotowskiego, w 1991 r. zbudowano boczny ołtarz ku czci św. Józefa, a także położono posadzkę marmurową (2000-2001). W uroczystość odpustową ku czci Matki Bożej Różańcowej, czyli 7 października 1998 r., odbyła się konsekracja kłopotowskiej świątyni, której dokonał bp Antoni Pacyfik Dydycz.
W bramie wejściowej na cmentarz przykościelny znajduje się dzwonnica wzniesiona przez ks. Kazimierza Koreckiego (1908-90), który pracował w Kłopotach Stanisławach w latach 1954-59.
Obok kościoła stoi nowa, murowana plebania zbudowana w latach 1988-91 staraniem wspomnianego ks. Mieczysława Rzepniewskiego. Po drugiej stronie drogi znajduje się organistówka zbudowana
w 1928 r. przez ks. Stanisława Siedlara, w której przez wiele lat odbywała się katechizacja.

Porządek Mszy św.:
- niedziele i święta:
- kościół parafialny: 9.00, 12.00
- święta niebędące dniami wolnymi od pracy:
- kościół parafialny: 10.00, 16.00

Odpust w parafii: św. Stanisława Biskupa Męczennika - 8 maja, Matki Bożej Różańcowej (I niedziela października)
Nabożeństwo adoracyjne: przed uroczystością św. Józefa - 17-19 marca

Księgi metrykalne:
Księgi Chrztów: od 1940 r. (1940-61 - odpisy; 1940-45 - USC Siemiatycze)
Księgi Małżeństw: od 1948 r. (1934-45 - USC Siemiatycze)
Księgi Zmarłych: od 1948 r. (1934-45 - USC Siemiatycze)

Bibliografia:
M. Kałamajska-Saeed (red.), Województwo Białostockie. Siemiatycze. Drohiczyn i okolice (Katalog Zabytków w Polsce, t. XII z. 1), Warszawa 1996; Spis kościołów i duchowieństwa Diecezji Pińskiej w R. P. 1933 i 1934, Pińsk 1933;
T. Tararuj (oprac.), Spis kościołów, parafii oraz duchowieństwa Diecezji w Drohiczynie n. Bugiem, Drohiczyn 1976; S. Ulaczyk (oprac.), Rocznik Diecezji Drohiczyńskiej. Spis parafii i duchowieństwa 1999, Drohiczyn 1999.