W porannych łapankach z przełomu października i listopada 1939 r., poprzedzających te tragiczne wydarzenia, aresztowano ok. 1200 osób, głównie urzędników, nauczycieli, lekarzy, księży, adwokatów, także czynnych społecznie i zamożniejszych Polaków. Miejscem ich przetrzymania stał się stary Fort VII, który Niemcy przerobili na tymczasowe więzienie. Po przybyciu na miejsce więźniowie stawali przed komisją złożoną z gestapowców oraz miejscowych volksdeutschów. Skazanych na rozstrzelanie umieszczano w celi śmierci, a później w tzw. ciemnicy, gdzie nie otrzymywali już jedzenia i picia.
Do 26 października 1939 r. władzę nad aresztowanymi w Forcie VII sprawował Wehrmacht wraz z Selbstschutzem i policją. Od tego dnia pełną kontrolę przejął Selbstschutz pod wodzą toruńskiego stolarza Karla Straussa. Dwa dni później rozpoczęły się masowe rozstrzeliwania więźniów w pobliskim lesie na Barbarce.
W trakcie ekshumacji, przeprowadzonej po wojnie na przełomie września i października 1945 r., odkryto siedem mogił. Groby w większości były jednak puste, gdyż pod koniec wojny Niemcy spalili ciała ofiar. Jednak w jednej mogile zwłoki pozostały. Znaleziono tam 87 ciał ludzkich z przestrzelonymi piersiami i czaszkami.
Fort VII opustoszał 10 stycznia 1940 r. Pozostałych przy życiu więźniów przewieziono do obozów koncentracyjnych, głównie do Stutthofu, a później do Dachau. Wśród nich był również beatyfikowany w 1999 r. ks. Stefan Wincenty Frelichowski, wówczas 26-letni wikary z kościoła Najświętszej Maryi Panny w Toruniu.
Obchody upamiętniające te tragiczne wydarzenia odbyły się na Barbarce 28 października. O godz. 13 Mszę św. polową w intencji poległych odprawił ks. kan. Wojciech Miszewski, proboszcz parafii św. Antoniego na toruńskich Wrzosach, w koncelebrze z ks. red. Dariuszem Żurańskim. W homilii celebrans podkreślił, że mogiły pomordowanych na Barbarce są najlepszą lekcją patriotyzmu. Nawiązując do współczesnej sytuacji, mówił, że dzisiaj wielu Polaków ma odrębne zdanie na temat naszego państwa, jego pozycji politycznej oraz przyszłości i ile jest ludzi - tyle różnych poglądów. To jednak co jest piękne, co nas Polaków charakteryzuje, to wielka miłość naszej Ojczyzny, a każdy na swój sposób pragnie jej dobra. Takie miejsca jak toruńska Barbarka, jak wiele miejsc martyrologii II wojny światowej, pokazują nam, że nie ma takiej ofiary, której Polak nie złożyłby po to, by „Polska była Polską, a Polak Polakiem” i to musimy w naszym narodzie pielęgnować i cnoty tej strzec. Sprawa patriotyzmu zajmowała serca Polaków na przestrzeni dziejów. Ks. kan. Wojciech Miszewski przypomniał m.in. postać wielkiego człowieka renesansu ks. Piotra Skargi - gorliwego patrioty, który w zbiorze „Kazań sejmowych” opisywał społeczeństwu problemy kraju. Wyraźnym przykładem miłości do ojczyzny i rodaków było napiętnowanie tego, co dzieje się w państwie polskim - wewnętrzna niezgoda, niesprawiedliwość prawna, a także upadek moralności i osłabienie władzy. Drugim godnym uwagi wielkim myślicielem i patriotą, który został przypomniany w homilii był Jan Kochanowski. W jego dziełach też znajdziemy wskazania patriotyczne.
Patriotyzm jednak był obecny nie tylko w literaturze, a także w sercach Polaków nawet wtedy, gdy wydawało się, że stracili swoją ojczyznę Polskę. Niezwykle mocno zabrzmiały słowa Jana Pawła II na toruńskim lotnisku, który mówił, że wielkim zagrożeniem dla narodu jest brak pokoju: „Mówię te słowa na tej ziemi, która doświadczyła w swojej historii tragicznych skutków braku pokoju, stając się ofiarą okrutnych i niszczycielskich wojen. Pamięć II wojny światowej jest wciąż żywa, rany tego kataklizmu dziejowego długo nie będą całkowicie zabliźnione. Niech wołanie o pokój z tego miejsca dotrze do wszystkich na całym świecie. Pokój jest możliwy, pokój jest konieczny, pokój jest pierwszą powinnością wszystkich! Oby świt trzeciego tysiąclecia stał się początkiem nowej ery, w której szacunek dla każdego człowieka i braterska solidarność między narodami przezwyciężą z Bożą pomocą kulturę nienawiści, przemocy i śmierci”.
W Eucharystii wzięli udział przedstawiciele władz samorządowych, m.in. przewodniczący Rady Miasta Torunia Waldemar Przybyszewski, wiceprezydent Torunia Andrzej Jeziorski, a także delegacje kombatantów, liczne poczty sztandarowe, żołnierze, harcerze oraz mieszkańcy Torunia i okolic oraz ci wszyscy, których bliscy spoczywają w miejscu straceń.
Na koniec Waldemar Przybyszewski, przewodniczący Rady Miasta Torunia, podkreślił konieczność przypominania takich wydarzeń sprzed lat.
Po zakończeniu Mszy św. zgodnie z ceremoniałem wojskowym złożono wieńce i wiązanki pod tablicą pamiątkową. Spotkanie na Barbarce było wspaniałą lekcją miłości ojczyzny, zakończoną koncertem pieśni patriotycznych w wykonaniu wojskowej orkiestry dętej.