Podczas II wojny światowej Jasna Góra jako duchowa stolica Polski odgrywała szczególną rolę w budzeniu i podtrzymywaniu wiary w odzyskanie wolności. Ten duch odnalazł swoje odzwierciedlenie m.in. w kaznodziejstwie tego czasu i w osobistych postawach paulinów takich jak o. Polikarpa Sawickiego, AK-owca o kryptonimie Mieczysław Euzebiusz Cielibała, łącznika sztabu generalnego AK. Organizował on także pomoc Żydom, którym załatwiał w mieście schronienie, wystawiał fikcyjne metryki. Był też m.in. współpracownikiem konspiracyjnego dwutygodnika „Alarm”.

Do cichych bohaterów, którzy za wiarę w odrodzenie Polski zapłacili cenę męczeńskiej śmierci, należy paulin o. Jan Kłaczyński, wielunianin, który w zakonie przybrał imię Romuald. 21 kwietnia 1940 r. poprowadził w Kaplicy Matki Bożej nabożeństwo różańcowe, a po nim mówił o nadziei w odrodzenie Polski. Kaznodzieja otrzymał wezwanie do natychmiastowego stawienia się w komendzie policji. Po krótkim śledztwie i żądaniu odwołania treści kazania, czego nie spełnił, został wypuszczony. 23 kwietnia stawił się ponownie w komendzie, skąd już do klasztoru nie wrócił. 6 sierpnia wywieziono go najpierw do obóz w Sachsenhausen-Oranienburg a następnie Dachau. Osadzono go w bloku 30/2 i nadano mu numer 22778.

Najprawdopodobniej zmarł w wyniku śmiertelnej dawki zastrzykiem. Jest to zgodne z depeszą Zarządu Obozu w Dachau, jaką przesłał matce, że „23 kwietnia 1942 r. o godz. 9.00 zmarł ksiądz katolicki Jan Kłaczyński mieszkaniec klasztoru jasnogórskiego”. Gdy 5 maja matka o. Romualda skierowała pismo do Dachau o sprowadzenie prochów poinformowano ją, że ciało Kłaczyńskiego spalono 27 kwietnia w krematorium i prochy nie mogą być pochowane w innym miejscu niż w Dachau. Przysłano jej jedynie dwa brewiarze i różaniec.

W czasie II wojny światowej z rąk okupantów - niemieckiego i sowieckiego, zginęło ok. trzech tysięcy polskich duchownych, co stanowiło 20 proc. przedwojennego duchowieństwa. Ponad połowa z duchownych diecezjalnych i zakonnych poddana została represjom. 29 kwietnia przypada rocznica - w tym roku 78 - wyzwolenia niemieckiego obozu koncentracyjnego Dachau.

Dzień Męczeństwa Duchowieństwa Polskiego obchodzony jest od 2002 r.